초콜릿 낭종은 한약으로 치료할 수 있는데, 한약으로 이 병을 치료하는 것은 효과가 매우 좋지만, 신드롬 분화가 필요하며, 임상적으로는 계가지환환을 기본으로 하는 경우가 많다. 또 일부 환자는 국부 충혈이 심하기 때문에 대황칩충환, 혈부축탕을 이용해 전면적인 조리를 해 초콜릿 낭종을 빨리 회복할 수 있다.
한의사가 본병을 치료하는 것은 전반적인 관념에 기반을 두고 있으며, 간리기, 정배본, 활혈화, 연견산결, 해열 해독 등 내분비를 종합적으로 조절한다. 기혈을 가동시켜 내장이 원활하다. 경락은 근본이고, 기혈은 기체의 물질적 기초이며, 내장은 기혈 생화학의 원천이며, 기혈 생성과 운행을 통제하고 기혈균형을 조절하는 역할을 한다. 가스는 혈액의 동력이다. 여성에게 혈액은 월경의 물질적 기초이다. 오장부 기능이 불균형하면 기혈 운행이 영향을 받아 각종 산부인과 질환을 일으킬 수 있다.
초콜릿 낭종은 한의학에서 명확하게 기록되지 않았지만, 증상과 징후에 따라 생리통, 불임, 복부종괴, 축적, 월경불균형 범주에 속한다. 한의사는 본병의 주요 원인이' 혈혈' 이라고 생각하는데, 간기울결이나 한습이나 비장 신장이 모두 허무하고, 기혈이 무력하거나 열유, 혈차단이 오래 변하고, 증상이 바뀌고, 지증이 있다. 따라서, 운행이 원활하지 않고, 멍이 들고, 유지, 한습에 대해서는, 신드롬 분화 치료, 시스템 치료를 해야 한다. 한약이 초콜릿 낭종을 치료하는 가장 두드러진 장점은 칼을 열지 않고 치료 후 재발률이 낮다는 것이다.