책에는 365 종의 한약과 그 사용 방법이 기재되어 있다. 약의 종류로는 식물, 동물, 광물이 있는데, 이 약품들은 약성에 따라' 하늘, 땅, 사람' 으로 나뉜다. 이것은 우리나라 최초의 약물 분류 방법이며, 일부 의학자들이 실제 약물 사용 경험을 통해 이 약들을 체계적으로 정리한 것이다. 이 책에는 풍부한 약물 이론도 포함되어 있어 약물의 성질에 따라 약물 배역을 진행한다. 바로 이 책이 명군, 신, 보조의 원칙을 제시했다.
신농본초경은 우리나라 약학의 발전에 큰 영향을 미쳤으며, 후세에 상응하는 의서는 모두 이 책에 근거하여 발전하였다. 책 속의 약물' 오미',' 사성',' 음양',' 칠정' 에 대한 관점은 지금까지도 사용되고 있다.