파리는 고병원성 조류인플루엔자, 뉴캐슬병, 구제역, 돼지 열병, 다살성 바씨병, 대장균병, 구충병 등 가축 사육에 영향을 미치는 중요한 질병 50 가지를 전파할 수 있으며, 질병이 발발할 때 전염병의 확산을 가속화할 수 있다. 가축과 가금류의 집 안에 있는 많은 파리들이 새들의 불안과 달걀 껍질을 오염시킬 수 있다.
배설물 중 구더기의 활동은 닭장 안의 암모니아 함량이 증가하여 닭의 생산 성능에 영향을 줄 수 있다. 또한 가축의 정신적 불안을 초래하고, 가축들이 서로 마찰하고, 물어뜯고, 외관 손상을 입히고, 육질 등급을 낮출 수 있다.
가축과 가금류의 정신 상태가 좋지 않고, 운동량이 너무 많아 고기 비율을 낮추고, 사육비용을 늘리고, 효과를 줄였다. 또한 파리는 다양한 인간 전염병을 퍼뜨려 직원들의 건강을 위협할 수 있다.